O conto do Itachi era referente apenas ao clã Uchiha e até aquele momento eles não tinham introduzido Indra na obra (não pelo que me lembro). Indra apareceu pela primeira vez quando Obito conversou com Naruto sobre os ancestrais dos Senjus e Uchihas, dizendo que o filho mais velho tinha herdado os olhos do Rikudou.
Harumi-San escreveu: Eu não acho que o Madara foi o primeiro Uchiha a ter o MS, a gente não sabe quando o clã Uchiha surgiu, se foi 200 ou 300 anos depois do Indra falecer, como ele se formou etc, informações se perdem com o tempo, na era dos estados combatentes, com tanto Uchiha perdendo parente, alguns Uchihas que eram coração mole tipo um Obito, com certeza devem ter despertado pela fragilidade emocional, claro todo Uchiha tem esse problema, mas alguns mais que outros.
Não faz sentido na minha visão só o Madara, Izuna, Obito, Shisui, Itachi e Sasuke despertarem o Mangekyou, com certeza teve uns random ae.
Foi dito que mesmo o sharingan era raro em ser desperto no clã, imagine o ápice da kekkei genkai Uchiha que é o mangekyou sharingan. Sabemos dos requisitos para se ter a evolução máxima do doujutsu e de que também Madara e Izuna foram os primeiros a despertá-los (segundo Itachi). Seja por terem uma vida sofrida em meio a guerra desde sua nascença ou pelo talento latente nos dois. Madara foi concebido na obra para ser o supra sumo Uchiha desde sua juventude e logo o membro mais poderoso e importante no clã, aquele que rivalizava com o shinobi conhecido como um deus.
É tão difícil assim imaginar que ele fora o primeiro a ter essa evolução? seria difícil imaginar que Hashirama também fora o primeiro a possuir mokuton? Acredito que essas sejam perguntas que devem ser feitas.