Depende, em qual cenário e contexto isso ocorreria? O falso Madara já havia demonstrado interesse em Sasuke anteriormente, e não teria um porquê que o motivasse a ignorar o resultado da luta entre os irmãos, deixando não só Sasuke como também o cadáver de Itachi (que possui informações valiosas sobre a Akatsuki) à mercê para Konoha.
Tirando o Tobito da equação, acho que as coisas ocorreriam como Itachi planejou. Sasuke iria transplantar os olhos dele e despertar o Eien Mangekyou Sharingan, considerando que Itachi já havia explicado pra ele sobre esse conceito anteriormente.
Sasuke também iria voltar para Konoha, querendo ou não. O Esquadrão de 8 Homens já o tinha localizado, o problema foi que Obito e Zetsu chegaram antes. Sasuke não teria motivo e nem energia sobrando pra apresentar resistência, visto que até desmaiou depois da luta.
Ele não teria por onde descobrir a verdade sobre Itachi. E ainda que descobrisse, o corvo com o olho de Shisui ainda estaria dentro do Naruto e iria reagir aos olhos de Itachi transplantados, fazendo Sasuke proteger Konoha de um jeito ou de outro.