Na minha opinião, Goku Instinto Superior Incompleto (anime) já era superior ao Beerus em questões de poder de luta, bem como estava conseguindo bater de frente com o poder máximo do Jiren, cujo o Deus da Destruição do Universo 11 acreditava ser praticamente imbatível para os Deuses da Destruição. Goku Instinto Superior Completo superou Jiren completamente, creio que conseguiria fazer o mesmo com Beerus. A única coisa favorável ao Deus da Destruição é o Hakai e a Aura de Hakai, mas ambos acabaram por ser superados por um poder maior, tal como Vegeta fez contra o Toppo, então creio que Goku vença essa.
No mangá, Jiren só aguentou o Goku no Instinto Superior Completo por pura força de vontade. A não ser que Beerus tenha mais força de vontade que o Jiren, o máximo que ele conseguiria é um empate se o tempo de Goku estivesse limitado, como não está, acaba perdendo. Ainda mais porque Goku do mangá é mais mortal que o Goku do anime, uma vez que possui o Hakai, que combinado com o Instinto Superior Completo, deve ser uma técnica praticamente inevitável.