Depende, se for na mão de um soldado normal do nosso mundo contra um ninja, como o cara mesmo disse, dependendo do ninja bastará um genin para vencer.
Digo isso porque por mais que um ninja comum não consiga resistir ao disparo de um M16, eles se movem a varios KM/H, logo um atirador do nosso mundo, mesmo treinado, seria morto antes mesmo de travar a mira e puxar o gatilho.
Quanto a resistência, acredito que boa parte dos genins, chunins e jounins, não consigam resistir a um tiro de um fuzil, a não ser que eles tenham um jutsu que de resistência. Mas os sannins e os nivel kages, eles são muito resistentes, por exemplo o Raikage, é bem capaz que ele consiga resistir a tiros de uma M16 desde que esteja com a armadura de raio. Ninjas como Sasuke, são mais resistente do que rocha pura, então tiros de M16 não seriam tão destrutivos nele como se fossem em um humano normal.
Sendo assim minha opinião é que as armas de projeteis são úteis até o nivel jounin ramdom, mas a partir do momento que o ninja tem um jutsu para proteger de projeteis ou é um nivel kage em resistencia, então a arma se torna inutil.