Hyuugas podem quebrar o Genjutsu Sharingan usando Juuken em si mesmos?

Olha, em tese, sim. A função do genjutsu entrar via um dos sentidos, criar sensações no sistema nervoso da vítima, controlando assim seu fluxo de chakra. É como um jutsu de inteligência avançada que visa manipular o chakra do cérebro do inimigo. Conforme explicou o Jiraiya, se vc puder reverter esse fluxo gerado pela técnica, o genjutsu é quebrado.
Os Hyūga possuem capacidade de liberar chakra por todos os Tenketsu e a meu ver isso seria mais que suficiente pra quebrar o fluxo de chakra, já que é uma expulsão abrupta de chakra de Keirakukei. Inclusive, visivelmente ali há pontos de chakra no cérebro. Obviously, que isso é a minha interpretação, pode ser também que o gen funcione mesmo assim, vai saber, é um ponto em aberto numa situação nunca posta a prova no mangá. Mas inegavelmente quem possui controle de chakra de alto nível têm mais possibilidades de lidar se livrar de Genjutsus.