@AkemiYomi Numa só mostrou eficácia contra ninjas sendo usado estrategicamente, como a scan mostra.
A maioria dos jutsus só tem eficácia sendo usado estrategicamente. Nessa imagem mesmo o Jiraya não usou o jutsu atoa, a cobra estava vindo na direção dele e ele atolou ela no caminho antes que ela chegasse nele. Enquanto pode parecer que ele simplesmente usou e a cobra simplesmente caiu, pode ser o fato dele ter usado no momento correto que fez ela cair. Jiraya estava no ar e aparentemente vulnerável, então durante o ataque dela, ele executou o jutsu como defesa.
A única coisa que impede ninjas de escaparem com chakra nos pés é a imobilização da lama, que seria superada pela força bruta do Susanoo. Tirando isso, Yomi Numa não tem nenhum propriedade que anula essa capacidade.
Segundo a descrição do jutsu ele é bem bom de ser usado contra o susano'o.
A questão é: quais estratégias fariam Yomi Numa ser fatal contra o Madara? O que não falta para o Uchiha são meios de burlar a técnica.
A técnica não é pra ser fatal, é pra prender o oponente. Jiraya, assim como a Tsunade e os outros kages, não tem potencial pra serem fatais contra os clones do Madara, mas ele, assim como os outros, tem capacidade de durar aquele tempo que eles duraram na batalha e o Yomi Numa é uma opção válida pra prender o Madara e ganhar tempo, ser menos pressionado, conseguir encaixar mais combos, etc.
A única invocação que foi vítima do Yomi Numa era uma cobra irracional, nenhuma como Manda ou Gamabunta. Aliás, se o Yomi Numa é tão poderoso por que não foi usado contra o Manda?
Vou citar algumas possibilidades, fica com a que preferir:
1) O autor queria mostrar diferentes técnicas dos sannins e portanto não faria sentido repetir o Yomi Numa, além dele querer a cena dos kuchiyoses se enfrentando, isso é, roteiro.
2) A Manda é maior que a outra cobra, o Jiraya estava com o controle de chakra debilitado e talvez não conseguisse fazer um pântano grande o suficiente pra garantir ela presa. Inclusive tem uma nota no databook dizendo que o Jiraya achou o pântano insuficiente, pois o objetivo era afundar completamente a primeira cobra, o que desencorajou mais ainda de tentar ser efetivo contra o Manda.
3) Jiraya estava com o chakra debilitado e o consumo de fazer o pântano daquele tamanho poderia ser muito grande, visto que o tamanho do jutsu pode variar bastante, como no exemplo usado contra a cobra e contra o Pain.
4) Jiraya poderia estar com o chakra contado por conta do consumo aumentado e preferiu usar uma opção mais estável, que é o Gamabunta, ao invés do Yomi Numa.
Um ninja com uma boa agilidade poderia saltar antes do pântano se formar e concentrar chakra nos pés para não afundar.
Embora seja uma hipótese válida, não sabemos se isso é verdade. Será que algum ninja poderia se impedir de afundar da sucção do Gaara pulando e usando chakra nos pés?
É dito no databook que o atoleiro arrasta os oponentes pro fundo.
Então Madara pode absorver o chakra do Jiraiya no pântano e cancelar seu domínio sobre ele.
Madara estava controlando 25 clones usando susano'o, o chakra dele estava dividido demais pra manipular o rinnegan em um deles ou simplesmente não queria, visto que usou só o susano'o com os clones. Além do fato de que o Madara estava brincando com eles, isso ficou evidente na luta inteira, então pode muito bem ser os dois casos ou só o caso dele mesmo ter se restringido ao susano'o.
Inclusive o Gaara pode transformar o solo em areia movediça e mesmo assim não incapacitou nenhum clone.
Eles estavam lutando em cima da madeira do kajukai korin.
Temos cinco grupos de cinco susano'os, três estão lutando em cima das pedras do meteoro e dois estão lutando em cima dos galhos. Oonoki, Kira e Tsunade estão lutando em cima das pedras, isso significa que sobraram os galhos pro Gaara e pra Mei. Além de que o Gaara talvez não tivesse tempo pra tentar essa tática, a maioria deles estava sendo mais reativo na batalha, sendo a Tsunade a única que podia ser mais ofensiva, por conta da sua habilidade regenerativa.
E vou reforçar o comentário que dei na primeira resposta, as técnicas tem que ser usadas na hora certa pra serem eficazes, é um mangá de ninja, não é como se o Jiraya andasse reto e usasse o jutsu que funcionaria, poucos personagens conseguem fazer isso e geralmente é por conta de ter muita velocidade. O fato é que o Yomi Numa não é um finalizador, ele é um dos jutsus que possivelmente fariam o Jiraya ganhar tempo pra resistir o tempo que os kages duraram.