Bom, eu não acho que eles foram totalmente inúteis, especialmente sobre o Chouji. De qualquer forma, a participação deles, com toda a certeza, poderia ter sido melhor aproveitada.
Particularmente, eu manteria as coisas iguais até o momento que fosse necessário separar os inimigos, a diferença seria que o Ino-Shika-Chou enfrentaria o Hidan, enquanto o Kakashi ficaria sozinho para enfrentar o Kakuzu.
No DB3, o Kishimoto comentou que o conceito de criação do Hidan foi baseado em um Shinigami e sua foice teria outras habilidades que ele não teve a chance de adicionar na história. Não que eu acredite que seria algo muito impressionante, mas penso que seria interessante se o Hidan tivesse um Jutsu de Invisibilidade, uma habilidade que só poderia ser ativada enquanto ele estivesse em contato com sua foice, então ninguém poderia vê-lo com exceção das vítimas do seu ritual, mas ele ainda poderia ser detectado pelo chakra.
A Ino seria a única do trio capaz de rastrear o Hidan pelo chakra, então ela teria o seu momento de destaque nesta luta. Eu iria fazer ela ter aprendido o Shinranshin do pai dela e até ter desenvolvido um jutsu novo para imobilizar o adversário, algo parecido com o que ela fez com a Sakura nos Exames Chuunin, mas desta vez usaria uma daquelas lâminas do Asuma para reproduzir esse feito, a mesma ideia que o Shikamaru teve.
Então a Ino seria capaz de separar a foice do Hidan, permitindo que Ino-Shika-Chou lutassem com tudo desta vez, conseguindo praticamente derrotar o Akatsuki com seu trabalho de equipe antes de finalizá-lo com a armadilha do Shikamaru.
O Chouji realmente ficaria um pouco apagado aqui, mas ele já havia sido protagonista de um combate na Parte I e também viria a protagonizar a luta contra o Asuma na Quarta Guerra, então dá pra deixar passar.
Enfim, até existia espaço para desenvolver algum combate, mas estava claro que aquele arco era do Shikamaru mesmo.