Na verdade eu já pensei nisso e tivesse grande discussão no Face e geral lá chegou na conclusão que o Sasuke com 2 Rinnegan iria ser inferior ao Sasuke Rinnegan Supremo.
O que um Par de Rinnegan pode fazer que o Sasuke com um rinnegan Supremo não pode?
Agora inverte a pergunta você vai quanto poderes o Sasuke iria perde.
Isso depende totalmente da criatividade do Kishimoto:
Obito: 2MS -> O Kamui dele dobra de velocidade e ele pode usar o Susano'o.
Shisui: 2MS -> De acordo com o mangá o K.A. pode ser usado num grupo de pessoas (ao invés de ser usado em apenas uma pessoa), além do Susano'o.
Madara : 2 Rinnegans -> Ao invés de usar 1 Limbo ele pode usar 4, fora o que não foi mostrado (sem falar que o Rinnesharingan só despertou depois que ele obteve os 2 Rinnegans).
Itachi: 2MS -> Cada olho dele possui um poder diferente (ele passa a poder usar o Susano'o tendo o par).
E por ai vai, o problema do Sasuke possuir 2 Rinnegans daquele é que como eu disse o gasto de chakra seria superior ao que ele pode suportar, ou seja, é mais vantajoso que ele possua apenas 1 olho mesmo.
Mas o mangá sempre repete a mesma coisa: "São necessários 2 olhos para se despertar o verdadeiro potencial":
É como eu disse, eu não nego que o Rinnegan do Sasuke > Rinnegan comum, mas eu tenho certeza (pelo o que o mangá mostrou e falou) que 2 Rinnegans > Rinnegan do Sasuke.