Pegando o exemplo do Danzou/Shisui e considerando a explicação do Hagoromo, sim, os dois Rinnegans seriam chakra do mesmo. Ao consegue distinguir dois chakras diferentes no danzou pela cor, e reconhece uma delas como do Shisui. O mesmo rolaria com o Nagato.
Sobre afetar o Limbo, fico em dúvida. O Sasuke conseguiu afetar usando o chakra do rikudou de propósito, pegando um pouco do selo da lua, q transformou o Chidori na cor negra. Em diversos momentos, quando ele não tinha essa preocupação, o chidori era normal. Além disso, no plano de batalha, era sempre o Naruto ficar com as sombras e o Sasuke ir atrás do original. Afinal o manto de chakra do RSM é lotado de chakra do Rikudou, possibilitando o Naruto combater as sombras no taijutsu.
Com conhecimento, talvez seja possível o Nagato concentrar o chakra proveniente dos olhos pra fazer a técnica e conseguir afetar. Segue um pouco da lógica dos rasengans do naruto. Ele possui o chakra dos 9 bijuus, mas em determinados momentos ele pede pra um deles participar na moldagem da técnica (Jiton Rasengan, Yoton RS, e claro os 9 ao mesmo tempo contra a Kaguya), dando características especiais pros jutsus.