Sasuke e Naruto no auge são superiores as primeiras encarnações de Indra e Asura ?

De fato o RSM do Naruto era algo digamos "one shot" , o chakra que ele recebeu do Hagoromo era limitado, isso fez com que o nível do Naruto caísse drasticamente depois da Guerra por não poder mais contar com esse chakra.

Então que Naruto perdeu o chakra do Rkudou não resta a menor dúvida, portanto seu nível caiu bastante.

Podemos ver o RSM como um boost temporário, like ao que os ninjas ganharam na guerra com o manto Bijuu do Naruto (que deu um boost nas habilidades deles) ou como o Dual MS que Kakashi ganhou do Obito para lutar contra Kaguya, enfim, algo de curta duração.

O "X" da questão é o Sasuke.

Já o Sasuke manteve o mais importante do Up que ganhou do Rikudou que era o Rinnegan, isso de certa forma fez com que o nível dele não tenha caído tanto quanto o do Naruto.

Podemos fizer que o Rinnegan foi dado e o RSM emprestado.

A questão do Sasuke já é mais complicada, assim como Madara, ele obteve o chakra do Rikudou quando recebeu células do primeiro Hokage, então é plausível que ele ainda possua chakra do Rikudou,

Ai é que tá,  pois o que trás a tona o chakra do Rikudou não é a junção "Uchiha + Senju" e sim "Indra + Ashura", e no caso quando Sasuke recebeu as células do Hashirama a transmigração de Ashura não era mais o Hashirama e sim Naruto.

Realmente fico em dúvida quanto a isso.

Sobre o nível de Naruto e Sasuke seria algo como:

Naruto Guerra (RSM) >>>>>>>>>> Naruto Atual

Sasuke Guerra (sem o chakra do Bijus) > Sasuke Atual (caso Sasuke atual não tenha mais chakra do Rikudou)
ou
Sasuke Atual (caso Sasuke atual tenha chakra do Rikudou) > Sasuke Guerra (sem o chakra do Bijus)

Naruto e Sasuke não perderam seus poderes. 
Tanto o Rinnegan quanto o Modo Sábio dos Seis Caminhos, foram poderes despertados graças ao chakra do Hagoromo. Não é um up que depende da presença de uma força externa, uma vez despertado não vai desaparecer.
 Quanto ao chakra das bijuu, Naruto absorveu e filtrou o chakra delas dentro de si mesmo. Todas as nove bijuu, incluindo Kurama, passaram seus chakra para o próprio Naruto, e graças a isso, ele obteve o poder de todas elas. E como foi dito pelo próprio Databook que, ao absorver o chakra das nove bijuu em seu corpo, o mesmo vai obter a forma original da besta, o Jubi, e obter o poder do Seis Caminhos.

Existem várias menções e acontecimentos que provam que Naruto reteve esse poder. Só pelo simples fato dele ter conseguido desfazer o Tsukuyomi Infinito mesmo após ele ter ficado sem chakra, já contesta que o chakra do Naruto mantém a essência do chakra das nove bijuu. Caso contrário, ele não conseguiria ajudar Sasuke ali. 

Outro fato também que vale a pena comentar, é que, o Databook não atribui classificações de poderes temporários para os personagens. Madara por exemplo, mesmo tendo roubado o Senjutsu de Hashirama, entrado no Modo Sennin, obtido o Senjutsu do Rikudou e ter demonstrado técnicas de Senjutsu, ele NÃO RECEBEU a categoria Sábio, o que seria o correto, já que era um poder temporário.
Porém, Naruto recebeu a classificação de Kekkei Genkai no Databook, confirmando que ele se tornou um usuário legítimo de Youton, Jiton e Futton, justamente pelo fato do chakra das bijuu terem se fundido ao Naruto, e por esse motivo, o mesmo se tornou um elo no qual elas podem se reunir e se comunicar com ele, justamente por terem se tornado um só.

A principal característica do Modo Sábio do Seis Caminhos, é justamente a ausência das olheiras de sapos que Naruto possui no Modo Sennin convencional, devido a presença do Senjutsu do Seis Caminhos. Claro que não tem mais o Rinnegan e as Nove Magatama em seu corpo, mas também deve ser lembrado de que, o modo de chakra dele mudou diversas vezes ao longo do tempo, lógico que não seria mais o mesmo.
E ele usou esse Modo no Gaiden e no filme do Boruto, basta observar o olho dele.
"Ah mas pode ser que o Modo Sennin normal dele perdeu as olheiras e mimimimi..."
Se tiver ainda mais dúvidas, basta dar uma olhada no início do Gaiden da Sarada ou no episódio de hoje, onde Naruto utiliza o Modo Sennin padrão e aparece as olheiras de sapo claramente.

Só pelo fato do modo de chakra ter tido a sua aparência mudada 3 vezes, e não ter demonstrado as Gudoudama, é justificativa concreta de que ele perdeu os seus poderes? Isso qualquer fã pode pensar, porém utilizar isso como prova concreta de que ele perdeu, e ignorar completamente todos os indícios que o mangá trouxe, é ir contra o que a própria série colocou.

Indra era superior ao Sasuke por que tinha a flecha

Loki escreveu:

Indra era superior ao Sasuke por que tinha a flecha

Indra nunca teve uma flecha.

Rodrigo Ōtsutsuki escreveu:

Loki escreveu:

Indra era superior ao Sasuke por que tinha a flecha

Indra nunca teve uma flecha.

Teve sim a flecha de Indra .

Loki escreveu:

Rodrigo Ōtsutsuki escreveu:

Loki escreveu:

Indra era superior ao Sasuke por que tinha a flecha

Indra nunca teve uma flecha.

Teve sim a flecha de Indra .

Não mano, a técnica Flecha de Indra traz como refêrencia a flecha do deus Hindu Indra, no qual ele atirava flechas do céu para castigar a humanidade.
Flecha de Indra requer o chakra das bijuu. Para ter o chakra das Bijuu, é necessário ter o Rinnegan para fazer a extração. Indra nem tinha o Rinnegan para o começo de história. E para finalizar, Sasuke nunca viu as técnicas do Indra, como ele iria utilizar a técnica de alguém que ele não conhece, e esse alguém sequer tinha condições para usar o ataque.